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李世民看完紇幹承基口供筆錄，知道了太子李承乾要謀反的事。
他當即傳令長孫無忌、房玄齡、蕭瑀、李世績與大理、中書省官員，聯合再審查實。
隨後果然查清太子李承乾謀反實情。
李世民派人把李承乾召入宮庭，當面厲聲呵斥：
“高明（李承乾乳名）吾兒！
你已身居太子之位，我也沒有廢立的想法。
你有腿疾，我也沒覺得你不能勝任皇帝之位！
你為什麼等不及，妄想聚眾逼宮，還謀殺你弟李泰？”
李承乾事敗被抓，心如死灰，反而無所顧忌地笑了。
他大膽狂妄地反問李世民：
“父皇您自己不清楚嗎？
我大伯李建成被你射殺，我四叔李元吉不也死在你手裡？
我還不都是跟您學的？”
李世民見李承乾如此是非不分，善惡不辨，深感痛心疾首。
李世民氣憤地說：
“高明！
這些年我疼你，看重你！你卻叫人痛心失望！
三千年華夏文化你不愛，你崇拜突厥戎狄！
身為國家儲君，你不體恤百姓，命人偷老百姓家牛羊做燒烤！
你沉迷聲色歌舞享樂，不能有所節制！
你心裡沒有天下百姓，只有你的女寵“俳兒”，男寵“稱心”！
你把敵我搏殺對決、殘酷征戰當成好玩的遊戲玩耍！
我若把國家社稷託付給你，天下百姓將災難無邊！”
李世民氣得邊說邊流眼淚。
李承乾看見他爹哭了，又磕頭說道：
“我是一國太子，哪能還有別的奢望？
我弟李泰整天算計我，爭奪我的太子位，多次誣告陷害我。
這樣我才和我的東宮臣僚，商議自安自保。
都是東宮臣僚給我出主意，想著除掉李泰，逼父皇退位。
我一時被迷惑，今天願意承受死罪。
只是我被處死，我賊弟李泰，就會得逞心願被立為太子。
這樣我死了也對他心懷怨恨！我化作鬼也要弄死他！”
李世民聽他這樣說，更加憤怒無語。他看了看左右侍臣，說道：
“李承乾犯了謀反大罪，該如何處置？”
群臣心裡暗想：謀反是死罪啊，這還用問？回覆該處死李承乾吧，不行，肯定違反了皇上意願。
建議免殺李承乾，也不行。誰提誰就是公然主張徇私枉法。
大家都你看我，我看你，誰也不說話。
通事舍人來濟這時想：皇帝肯定不想背徇私枉法惡名，又不忍心殺兒子，盼著有人站出來勸他別殺太子呢，於是他說：
“人人皆知，謀反死罪，按律當斬。
陛下您是遵法國君，同時又是皇子的慈愛父親。
如果能夠讓太子得以終享天年 ，便是情與法兩面兼顧了。”
李世民於是傳詔廢李承乾為庶人，軟禁在左領軍府中。
當下搜捕太子黨羽，把李元昌、侯君集、李安儼、趙節、杜荷全部抓住，一個一個地審訊。
李元昌無可抵賴，當即認罪。
李世民不忍心殺他，打算給他減罪免死。
高士廉說：“不能因為親情，廢棄國法。”
李世績說：
“漢王李元昌，遊手好閒，做事荒唐離譜。
他縱情聲色犬馬，醉心吃喝玩樂，不幹正事，應予嚴懲。”
爭論再三，李世民決定賜令李元昌自盡。
侯君集初次受審不服，大喊：
“我雖心懷不滿，但無謀反行動，不足以定罪。”
李世民宣詔侯君集女婿賀蘭楚石當庭對質。
賀蘭楚石把李承乾如何安排他捎話召見侯君集，李承乾和侯君集如何密商除掉魏王李泰的事說了一遍。
侯君集這才無話可說低下頭來。
李世民對群臣說：
“侯君集有功於國家，可否換他免死？”
群臣齊聲說：
“侯君集犯下大逆不道謀反罪，如何赦免死罪？"
李世民含淚對侯君集說：
“今天為守護國法權威，我要和你訣別了。
以後我去凌煙閣看見你的畫像，怎麼能不感到痛心？”
說完李世民流下眼淚。侯君集也趴在地上慟哭。
行刑官不便徇私情，牽押他到街市斬首。
臨刑時，候君集對監斬刑吏說：
“我本不想造反，因心懷不滿才這樣，我為皇上平定吐谷渾、高昌兩個國，立下功勞。
請轉奏陛下，求他給我留下一個兒子別處死，讓他做侯家的根苗流傳後代，這樣家裡還有人給我上墳。”
行刑官吏答應下來。
行刑完畢，刑官向皇上覆命，並且轉述了侯君集死前請求。
李世民於是赦免侯君集妻子兒子死罪，改為流放嶺南。
李安儼、趙節、杜荷三個人，也已審訊坐實謀反罪，當即斬首行刑。
左庶子張玄素，右庶子趙弘智、令狐德棻，因為不善管教規勸太子，削去官職回家。
因於志寧此前多次勸諫太子，李世民對他予以褒揚，毫不加罪。
紇幹承基釋放出獄，任命為祐川府折衝都尉，平棘縣令。
從李承乾獲罪被廢，魏王李泰早晚入朝廷服侍父皇李世民，恪盡孝道。
李世民讚許他恭敬孝順，當面許諾他來當太子。
中書郎岑文字、侍中劉洎勸說李世民立李泰為太子。
長孫無忌建議立晉王李治為太子。
李世民聽了一概默然不答。
長孫無忌退朝後，李世民對左右侍臣說：
“昨天青雀（李泰乳名）撲到我懷裡，說他今天開始才成為陛下的兒子，以前是把他過繼給他三叔李玄霸當名分上兒子的。
青雀還說他只有一個兒子，他當皇帝老死的時候就把他唯一的兒子殺死，他把皇位傳給他三弟晉王李治。
他說這樣幾句話，讓我特別心疼他，我不忍心再立別人了。”
李世民還未說完，李泰對父親李世民撒嬌說的謊言被馬上被褚遂良識破了。
褚遂良說：
“陛下以為李泰可憐，我卻覺得李泰陰險可怕。
試想陛下您萬歲之後，李泰當著皇帝，他還會主動殺死他疼愛的兒子，把皇位讓給他三弟晉王李治嗎？
前些日子因為李承乾、李泰之爭，釀成了內變。
今天我認為立李治，才能朝政平安。”
李世民遲疑半響，竟淚水滿臉地說：
“這事我實在辦不到啊！”
魏王李泰擔心三弟晉王李治被立為太子，特意趕去去晉王府上，平靜地對李治說：
“你和李元昌素來親善，現在李元昌謀反被處死，你沒有被牽連麼？”
李治聽了他這樣說，立刻變得憂心忡忡，愁容滿面。
李世民偶爾發現了異常，李世民問 李治：
“雉奴（李治乳名），你怎麼近來整天憂愁眉不展，心事重重？”
父親這樣一問，李治就把二哥李泰找他說的那些話如實告訴了李世民。
李世民這才醒悟過來：看來李泰確實有爭奪太子位的心思，還拿這麼不地道的話來嚇唬三弟李治。
褚遂良那天提醒的沒錯啊，李泰夠陰險的，只不過把爭奪太子位的心思隱藏得很深，恭順善良只是李泰的表面。
李世民到太極殿後邊的兩儀殿，讓晉王李治跟隨，召長孫無忌、房玄齡、李世績、褚遂良等朝廷重臣前來。
李世民先把李泰說的，一旦他做了皇帝，老死前將殺死自己兒子，讓位給三弟李治的那些活，說給他們四個人聽。讓他們自己去判斷這話咋回事。
隨後，李世民皺著眉頭說：
“我的三個兒子，都為一個皇位明爭暗鬥，相殺相傷，算計不休，我活著還有什麼意思？”
說完，李世民從座位上一躍而起，一下子撲到床上，從腰間撥出佩刀，揮向自己的脖子，要割頸自盡。
長孫無塵急忙上前勸阻，褚遂良上前把刀奪了下來，遞給李治。
長孫無忌請求李世民：
“立太子之事，事關國家前途命運。
陛下打算立誰，不妨直接決定，免得朝廷議論紛紛，人心不定。”
李世民說：
“我想立晉王李治。”
長孫無忌接著話茬說：
“謹遵聖旨。”
李世民對李治說：
“你舅舅准許你了，你快去向他拜謝呀！”
長孫無忌趕忙逃避在一旁。心想：立太子是你的決定，你怎麼能讓外甥謝上舅舅了？
李世民又對長孫無忌、房玄齡、李世績、褚遂良說：
“你們已經和我的想法相同，不知道其它人怎麼想？”
房玄齡說：
“晉王李治仁德孝順，不參與勾心鬥角，天下人認可。
請陛下升朝再問百官，估計不會有反對的。”
李世民於是轉往太極殿，召叢集臣入朝說：
“李承乾反叛，李泰內心陰險，都不能立為太子。
我打算在幾個兒子中選擇另立一人，你們認為誰最合適？”
群臣都歡呼著說：
“選擇誰都不如選晉王李治。
晉王仁德孝順，當立為太子。”
李世民聽了心情喜悅。
這時魏王李泰領一百多名騎兵，到永安門探聽訊息，守門官進太極殿告知李世民。
李世民命令禁衛軍武官：
“你把李泰隨從騎兵截住，一個也別讓他們進來。
然後你派人控制住李泰，讓他進入肅華門，把他軟禁在皇宮北苑，安排人給他送吃送喝。
去執行吧。”
次日，李世民臨駕承天門，頒佈詔令，立李治為皇太子，大赦天下。
又令朝廷和官府，賞賜美酒給各家各戶，暢飲喜酒慶賀三天。
李世民對侍臣說：
“我如果立李泰為太子，那就是蓄意謀取太子位的人得逞了。
從今以後，太子失道失德，趁機會算計奪取太子位的其它王子，一律廢置！
這個規定要傳給子孫後代，你們認為好不好？”
侍臣們連忙回答：“好！好！陛下英明！”
李世民又說：
“我如果立李泰為太子，他當上皇帝，李泰不會讓李承乾、李治他倆好好存活。
我把李治立為太子，他心懷仁善，李泰、李承乾都不會被他加害。”
於是命令長孫無忌、房玄齡為太子李治的老師。
蕭瑀為太子太保，李世績為詹事，李大亮、于志寧、馬周、蘇勖、高季輔、張行成、褚遂良、均為東宮太子府官員。