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一天後，林正永接到朝廷旨意，便開始大舉攻城。廣州城半天都沒有堅持下來，城內的將軍率兵造反，抓到郡守劉耀祖，開啟城門，迎接羽衛軍進城。
羽衛軍進城以後，便迅速控住全城，透過詢問，知道廣合郡郡守劉宇輝已逃，便開始連夜審訊。經過嚴刑逼供，劉耀祖受不住酷刑，據實交代，林正永立即派遣王勇帶領五千兵馬前去捉拿劉宇輝。此時一名士兵來報，在廣合郡一處民房中，抓捕到了廣臺郡郡守劉正宇，正在押解來廣州城的路上。至此，三郡收復，重新迴歸朝廷。
聖旨來到，林正永率羽衛軍坐鎮廣州城。幾天以後，王勇帶兵回到廣州城，但是並沒有抓到劉宇輝，原來劉耀祖在廣州郡外找到了一處海島，廣州郡本身就靠海，海外孤島多不勝數，劉耀祖就在其中一處島上建立了營寨，並派專門人看守。幾十年積累下來的財富多不勝數。王勇帶人找到地方以後，立即登陸孤島，但是島上早已沒人，但是財物還有很多，劉正宇走的時候也是十分匆忙，來不及把財物全部運走。羽衛軍俱都是陸兵，並沒有水師部隊，所以也只能在附近搜尋一番後，運走財物，回到廣州城覆命。
在劉正宇被押回廣州城的同一天，林正永下令，劉宇輝與劉正宇連其家眷一同押往京城，等候皇帝宣判。同時，朝廷下令，全國通緝原廣合郡郡守劉宇輝，知情不報者，與其同罪。
林正永接到了寧靖帝密旨，坐鎮廣州郡，羽衛軍分為三部，各去廣臺郡與廣合郡，如有異常者，可先斬後奏。另，密查三人家族，看有無異常，必要時候，殺無赦。
此時的寧靖帝也察覺到了不對，三郡相鄰，三郡郡守都是同一姓氏，讓人不得不起疑心。但劉氏畢竟不是平常家族，此事早已在很早以前就已經實施，所以只有劉氏三個家族高層寥寥幾人知曉，一代一代口口相傳，其餘族人並不知情，所以此事並不好查探。
林正永接到命令，便派王勇與李文遠各率領兩萬大軍，分別前往廣合與廣臺郡，並派人嚴密監視三地劉氏，他親自坐鎮廣州郡。由於新任郡守還沒到，所以各個城池還在屬於戒嚴狀態，夜晚城門緊閉，城內實行宵禁，百姓不得隨意外出，各個城內都有軍士巡邏，如有風吹草動立即清洗。畢竟林正永只會打仗，並不會治理。所以也只能用軍事管理。
三郡各地也失去了往日的繁華，夜晚，整個城內安安靜靜，只有軍隊巡邏甲冑碰撞發出的聲音。
三天以後，廣州郡新任郡守王永申到來，林正永親自到城門處迎接，兩人結伴進入城主府，林正永將郡守印信交由王永申，夜晚兩人在城主府秉燭夜談，林正永將廣州郡的各地資訊悉數告知與王永申，並在第二天回到城外軍營。此時新任廣合郡郡守李懷義與廣臺郡郡守吳偉勝也早已到達各郡，王勇與李懷遠已率兵啟程，趕來廣州城匯合。
三人到任以後，第一件事就是解除宵禁，各個城池內通商口全部開啟，同時，帶來了皇上聖旨，三年以內，三郡內賦稅減少一成，商稅減收半成。全力恢復三郡的經濟，使三郡快速回到戰前水平。聖旨一出，三郡百姓紛紛奔走相告，跪地高呼“皇上萬歲。”此時的百姓心中，全是對皇帝的感激，對朝廷的擁護。此時有人造反的話，根本不用朝廷派兵，三郡的百姓都能把人抓起來送到皇帝面前。
半年以後，在三位郡守的治理下，三郡已經安穩下來，開始慢慢的恢復。林正永接到聖旨，命令他班師回朝。
林正永與王永申告辭，王永申設宴招待，兩人喝酒聊天，很是投機，當夜，兩人酩酊大醉。
第二天，林正永率羽衛軍班師回朝。
至此，三郡之戰落下帷幕，林正永之名，響徹天下。