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朱元璋將軍權一分為二：統兵權歸屬五軍都督府，調兵權歸屬兵部。以文制武，文官發號施令，武官帶兵打仗。
衛所士兵平時在屬地屯田，戰時朝廷軍令一下，各地衛所集合成軍，皇帝指派五軍都督府的武將為總兵官，帶兵出征。
待到戰事結束，衛所士兵各回原衛，繼續屯田，而武將上交將印，回到五軍都督府。如此，將不專軍，軍無私將，杜絕了武將帶兵叛亂的可能。
除切割軍權外，朱元璋對各地的軍官也加強了監視，他不僅在各個部隊中派遣義子監軍，還派遣特務人員暗中監視。
為防將領與公侯串聯，洪武五年朱元璋還特地頒佈軍律，禁止衛所的將領接受公侯贈與的財物，禁止衛所的將領在非戰爭時期出入公侯的府邸。
而且，如果公侯沒有皇帝的特旨，不得私自差使衛所的將領與士兵。公侯違反軍律，三犯準免死一次（免死許可權減少一次）；將領與士兵三犯發海南充軍。
為防功勳將領造反，朱元璋以護衛安全的名義，賜予有大功的公侯功臣一支衛隊。衛隊有一百一十二人，設百戶一人統率，頒有鐵冊，子孫世襲，稱為奴軍，也稱鐵冊軍。
鐵冊軍聽命於皇帝，需要將功臣的一言一行上報。如果功臣有反常的舉動，那麼朱元璋的屠刀便要揮舞過來了。
在作戰時，儘管前方有統率大軍的將領，但是具體進行戰略決策的還是處在後方的朱元璋。
身處皇宮的朱元璋利用前方情報、軍事經驗決定前方的戰術指揮，不給到前方將領任何的自主權力。說實話，要不是因為明軍的對手太菜，這樣打仗難免不會失敗的。
即使是朱元璋最信任的將領，比如徐達、李文忠，也是如此被桎梏的，沒有半點的軍事自主權。朱元璋就像一個守財奴一般，牢牢地將軍權握在手裡。
當然，由於戰場形勢瞬息萬變，前方將領有一點點的臨場變通權，但是不多。如果出事的話，前方將領還要被問責。
此外，明軍對於俘虜的態度就是屠殺乾淨，堅持“沒有俘虜，沒有麻煩”的方針。比如，朱元璋在龍鳳十一年十一月五日的令旨：
“吳王親筆，差內使朱明前往軍中，說與大將軍左相國徐達、副將軍平章常遇春知會：十一月初四日捷音至京城，知軍中獲寇軍及首目人等陸萬餘眾。
然而俘獲甚眾，難為囚禁，令差人前去，教你每軍中，將張（士誠）軍精銳勇猛的留一二萬，若系不堪任用之徒，就軍中暗地去除了當，不必解來。但是大頭目，一名名解來。”
十二年三月，朱元璋還嚴厲責備徐達殺俘虜殺得少：“吳王令旨，說與總兵官徐達，攻破高郵之時，城中殺死小軍數多，頭目不曾殺一名。
今軍到淮安，若系便降，系是泗州頭目青幡黃旗招誘之力，不是你的功勞。如是三月已裡，淮安未下，你不殺人的緣故，自說將來！依奉施行者。”
不僅殺俘虜，有時還將投降的頭目一起殺了。之所以殺俘虜，一方面是因為減少軍隊的供養負擔，另一方面是消除未來的隱患。