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譜尼幫助斯嘉麗融合自己聖靈之力後，異域魂王突然出現，將譜尼困入自己多重空間中，艾恩斯讓斯嘉麗先走自己一人阻擋異域魂王、混沌埃蘭、混沌蒂亞斯與混沌魔使。
艾恩斯在身受重傷後超進化成不滅·艾恩斯，譜尼破除異域魂王幻境，僅僅一擊，擊敗大量混沌教派成員。
而作為混沌教派教主索倫森，卻早已經在譜尼降臨混沌核心前逃離混沌核心。
隨後，奧古斯特加入混沌教派未接受混沌之力，而是完成自我突破超進化成x博士奧古斯特，在千魂要塞與蓋亞與瑞爾斯兩兄弟戰鬥過程中自爆犧牲爆炸引爆千魂要塞，導致大量亡魂湧出，陰冥妖姬加入聖光聯軍，協助譜尼與聖光聯軍成員們及時建立橫跨星雲隔離帶，阻止一場宇宙大浩劫。
索倫森趁譜尼在分身乏術時派混沌魔使找大暗黑天六位長老一番商量後混沌教派與大暗黑天在搶奪神獸之血意見達一致結盟(實為互相算計)，賽爾號收情報後派迪恩去調查大暗黑天，陷大暗黑天陰謀犧牲。
大暗黑天利用克里奧星系至寶克里奧三星成功解封常長老艾夏拉封印(天長老天蛇太祖妻子)，索倫森在這段時間喚醒封印已久隕星議會(遨天之煞，掃蕩之鋒，噬夢之靈，葬生之蓮)，命令他們帶領混沌教派大軍攻打五大星系，因為薩爾蒙、白虎、玄武被殺，青龍被天邪龍王擊成重傷無法管理卡蘭星系，聖靈聯軍遠在混沌星域，三大星系無人守護，無數精靈們慘遭隕星議會與混沌教派屠殺(其中包括很多老精靈們，比如蘑菇怪，鋼牙鯊，提亞斯等)，麒麟與朱雀不得不離開自己螺旋星系與裂空星系前往三大星系，成功擊退隕星議會與混沌教派，但也導致螺旋星系與裂空星系防衛空虛。
後噬夢之靈帶領混沌教派大軍趁麒麟不在螺旋星系成功佔領螺旋星系，隔離帶情況逐漸好轉後，譜尼派聖化戰聯前去保衛各自星系。雷伊及時趕帕諾戰場與阿克希亞將掃蕩之鋒重傷(後掃蕩之鋒被趕現場遨天之煞救走)，贏星系保衛戰首次勝利。後二人支援其他星系，委託艾裡克守護帕諾星系。
由於混沌教派人數超過聖靈聯軍，為減少聖靈聯軍在實力與數量差距，譜尼給加入聖光聯軍不久兩位神獸之子聖靈之力，後由於索倫森親自率領混沌教派大軍進攻因為自己不在隔離帶，導致留守隔離帶中的奧斯卡自爆犧牲(同時令索倫森第一次受傷)，迫使聖光麒麟召回自己女兒麒麟之女波西利亞加入戰鬥。
聖靈聯軍主力與混沌教派主力在魔神星上空決戰，混沌教派大部分成員們被聖靈聯軍成員們擊殺。混沌教派小部分成員們逃走下落不明，隕星議會見混沌教派大勢已去後背叛混沌教派逃走歸隱，聖靈譜尼因為強行衝破滅神結界導致受傷，最後聖靈譜尼犧牲自己，使用神靈之力消滅混沌魔君索倫森，化作聖靈之心，由明翼帶回聖靈峰上層，守護聖靈之心等待聖靈譜尼再次甦醒。
聖靈聯軍與混沌教派秩序之戰到此全部結束，聖靈聯軍就此解散。
敵對組織
混沌教派(已經覆滅，混沌教派殘黨們下落不明預計他們日後可能會復興混沌教派)
大暗黑天(艾夏拉復活後再次隱匿等待捲土重來時機)
宇宙海盜(克里奧星域主線劇情過後再次歸隱等待捲土重來時機)
妖族(被索倫森脅迫，後被聖光莫妮卡與聖光斯嘉麗封印)
隕星議會(已經背叛混沌教派逃走等待勢力強大後捲土重來)
混沌地王萊茵哈特、混沌飛王凡爾斯
混沌法師薩里奧森
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