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十年後。（10歲就去旅行感覺太小了，所以就將出發去旅行的年齡設定為16歲。）
“波～波～”在波波鬧鐘的吵鬧下，流星在美夢中醒來。隨手關掉波波鬧鐘，揉了揉眼睛，看了看四周的環境，本想躺下繼續他的美夢，可卻突然想起了什麼，猛的坐起，從櫃子中拿出嶄新的衣服，迅速穿好，跑下了樓。
樓下，媽媽已經做好了飯正準備叫流星，沒想到看到了流星跑了下來，於是調笑道：“真難得啊，你能自已下樓。”流星興奮的說：“畢竟今天是很重要的日子嘛，我可不想遲到。”
就在這時，一名黃髮中年男子端著一盤菜走出廚房。見到這人，流星開心道：“爸爸，你回來了啊。”爸爸將菜放在餐桌上，回道：“嗯嗯，回來了，快來吃飯。”流星馬上坐在餐桌前，期待看著眼前的爸爸，問道：“爸爸，這次探險怎麼樣？有抓到新的神奇寶貝嗎？”爸爸嘴角上揚說道：“當然有咯。”流星連忙問：“是什麼？是什麼？”爸爸從口袋中拿出一個精靈球說道：“是這個傢伙哦。”隨即將精靈開啟，隨著一道紅光射出，一道紫色的身影出現在流星眼前。
流星看著眼前的神奇寶貝開心的說：“哇，是吼爆彈啊，好強壯啊。”吼爆彈也發出吼～吼～的叫聲向流星打招呼。
看著正在研究吼爆彈的流星，爸爸突然說道：“你馬上就要成為神奇寶貝訓練家了，想好第一隻要選什麼神奇寶貝了嗎？”流星點點頭，回道：“當然了，我在很久很久以前就決定好了。”爸爸欣慰說道：“有選擇就好，我當年可是因為不知道選誰，激動的整夜都沒睡著呢。”就在爸爸準備好好講一講他當年的故事時，媽媽卻氣憤的說：“你們還吃不吃飯了？”流星與爸爸低下了頭，乖乖的吃起了飯來。
吃完飯後，媽媽將一個揹包遞給了流星，揹包很輕沒有太多東西，因為去未白鎮神奇寶貝研究所取得神奇寶貝後，他還要回到古辰鎮。
爸爸則是囑咐道：“儘量走大路哦，不要到草叢裡去，野生的神奇寶貝還是很危險的。”流星點點頭說道：“我知道了，爸爸、媽媽我要出發了哦。”爸爸和媽媽點點頭說道：“快去吧，別遲到了。”於是流星就出發了。
流星走到一處豪宅後停了下來，正準備喊綠茵出門時，綠茵就推門出來興奮的說：“小星，你好慢啊，我等你好久了，我們快走吧。”看著興奮的綠茵，流星點點頭說道：“讓你久等了，走吧。”
當二人在101號道路上邊走邊看時，突然在不遠處傳來了女孩的喊叫聲，二人對視一眼，向聲音傳出的地方跑去。
二人跑到時就看到一位棕色頭髮的紅衣少女騎著腳踏車撞到樹上，身旁有一隻夜巡靈開心的笑著。
流星和綠茵看著如此一幕也開心的笑了起來，走到少女面前將她和腳踏車扶了起來，問道：“沒事吧小姐。”小遙拍了拍身上的土說道：“沒事沒事，謝謝你們的幫助，我還有事先走了。”說完騎上腳踏車飛快的離開。看著她行走的方向，綠茵笑了笑，說道：“她也是新人訓練家嗎？真是一個活潑的女生呢。”而流星看著女孩離開的身影默默想著：小遙嘛，還真是趕上了個好時間呢。隨即兩人跟著腳踏車印向位於未白鎮的小田卷博士的研究所走去。
一小時後，流星和綠茵二人終於走到了未白鎮附近，馬上就要到達小田卷博士的研究所，二人都抑制不住興奮的情緒，走起路來都一跳一跳的。
就在這時，在研究所不遠處的森林中出現了一道直衝天際的雷光。綠茵震驚的說道：“好恐怖的電擊啊，不會是小田卷博士在研究什麼強悍的電系神奇寶貝吧。”流星看著雷光發出了笑聲，調侃道：“沒準是皮卡丘呢。”綠茵卻反駁道：“開什麼玩笑，皮卡丘怎麼會發出這麼強悍的電擊啊。”話音剛落，雷電消失，緊隨其後的是一道響亮的爆炸聲，看著兩人一貓飛到天空成為一顆明亮的星星，流星笑道：“真是好討厭的感覺呢。”綠茵聽到此言，無奈的嘆了一個氣，他這個朋友老是說一些莫名其妙的話吶。
不一會，兩人來到小田卷博士研究所的門口。就在綠茵看著破碎的玻璃窗發呆時迎面走來了三人，分別是剛剛看到的紅衣少女，身著白色大褂的小田卷博士和戴著棒球帽，穿著藍色外衣抱著皮卡丘的少年。
小田卷博士看到流星和綠茵後說：“你們是從古辰鎮過來的小星和小茵吧，雖然現在很想現在就給你們初始的神奇寶貝，但是遇到了突發情況，所以還請你們稍等一下。”說罷領著帶著皮卡丘的少年走進了研究所。
紅衣少年看著兩人，驚訝道：“是你們啊，原來你們也是新人訓練家啊，我也是新人訓練家哦，我叫作小遙，請多多指教。”
流星和綠茵也介紹到：“我們是流星和綠茵，叫我們小星和小茵就好了，也請你多多指教。”
在三人相互認識之後一起走進了研究所中，走到一間研究室中，三人偷偷看著為皮卡丘做檢查的小田卷博士。聽見博士的助理說道：“小田卷博士，皮卡丘的殘留電壓恢復到正常數值了。”小田卷博士說道：“啊～剛才的機器人把它體內的多餘的電氣能源都吸收走了。”藍衣少年說道：“太好了。”小田卷博士囑咐道：“別打擾他了，讓他好好睡一晚。”
就在這時，小遙卻將門口的花瓶撞倒，手忙腳亂的抓住了花瓶，而這動靜也讓小田卷博士和少年注意到。於是小遙尷尬的說道：“你好，我是小遙，他們是小星和小茵。”藍衣少年回道：“我是真新鎮的小智。”小遙又問道：“皮卡丘它還好吧。”小智回答道：“它現在正在休養呢。”小田卷博士也說道：“明天醒過來的時候應該就恢復元氣了。”小遙說道：“太好了。”對此綠茵一頭霧水，流星去看著皮卡丘發笑。
這時小田卷博士說：“好了，小遙、小星和小茵，準備好選擇最初的神奇寶貝了嗎？”小智興奮道：“最初的神奇寶貝（｡ò ∀ ó｡）”
不一會，幾人來到了小田卷博士的房間，博士從包中拿出了三個神奇寶貝球，開啟其中一個，說道：“首先就是……木守宮。”一道白光閃過，一隻綠色的蜥蜴隨之出現。小智興奮的說道：“這是水系的嘛？”小田卷博士回答道：“不，這是草系的。”聽著二人的對話，流星不由有些懷疑小智的智商，這麼綠的神奇寶貝怎麼樣也不可能是水系的吧。
小智哦～了一聲，木守宮看著眾人“恰莫”了一聲，小遙卻退到一邊害怕道：“哎～它瞪我哎。”小智卻說道：“你在說什麼啊，這個傢伙的眼睛明明很可愛嘛。”綠茵也說道：“對啊，明明是很不錯的眼神好吧。”
隨即小田卷博士又開啟了一個神奇寶貝球，說道：“這個叫水躍魚。”小智說道：“這是水系的了吧。”小田卷博士回答道：“沒有錯。”小遙又說道：“可是剛剛水躍魚並不怎麼聽我的話呀。”小智說道：“會嘛，我看它很老實很可愛嘛。”小田卷博士說道：“小智，你真的很喜歡神奇寶貝呢。”流星這時也打量著水躍魚。
小田卷博士開啟了最後一個神奇寶貝球，說道：“接下來是火稚雞，火稚雞是火焰系的。”小智哇了一聲。這時火稚雞走向了小遙，蹭了蹭她的腿，“恰莫恰莫”的叫著。小遙開心的說道：“哇～這隻好可愛，我想要，好，我決定要火稚雞了。”
在小遙選擇完後，小田卷博士看向流星和綠茵說道：“那麼你們決定好了嗎？”流星和綠茵點點頭說：“我們早就決定好了。”
說罷，綠茵走向木守宮，蹲了下來，對著木守宮問道：“怎麼樣，木守宮，要和我一起去冒險嗎？”木守宮看著綠茵堅毅的眼神，點了點頭叫道：“恰莫！”爬上了綠茵的身體，坐在了他的肩膀上。
流星則是走到水躍魚身旁，蹲下看著它說道：“水躍魚，你想要成為我的夥伴嗎？”水躍魚看著流星，也點點頭叫道：“噶啦～”流星開心的笑了起來將水躍魚抱在了懷裡。
看著三人已經選好了神奇寶貝，小田卷博士拿出了神奇寶貝圖鑑和神奇寶貝球說道：“好了，這是神奇寶貝圖鑑和神奇寶貝球，你們拿走吧，好好加油吧，一定會成為偉大的神奇寶貝訓練家的。”一旁的小智也說道：“讓我們一起加油吧。”流星和綠茵說道：“謝謝。”小遙回答道：“是。”又小聲說道：“說是這麼說，其實我不太想當訓練家。”由於小田卷博士沒有聽清小遙說的話，於是問道：“什麼？你剛才說什麼？”小遙尷尬的回答道：“沒有，我會好好加油的。”看著眼前一切的流星嘴角不經意間微微上揚。
流星和綠茵順利的得到了初始的神奇寶貝，也結識了小智和小遙兩人，接下來會有什麼樣的神奇寶貝和什麼樣的邂逅在等待著他們呢？