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2000 年 12 月，漢居爾回到亞利桑那州接受小型商用飛機的複習培訓和波音 737 模擬器培訓。 儘管他因英語水平不佳和表現不佳而多次被勸退，但他還是在2001年3月完成了模擬器訓練。
另外三名飛行員於 2000 年來到美國，並接受了至少 40 小時的私人飛行學校培訓，獲得私人飛行員執照，允許駕駛單引擎飛機飛行。 美國聯邦航空管理局 (FAA) 發言人艾莉森·杜奎特 (Alison Duquette) 表示：“為了獲得飛行員證書，學生需要展示書面航空知識、實際飛行中的飛行熟練程度，然後進行型別評級” 用於駕駛特定型別的飛機。
和漢久居爾一樣，其他三人的訓練過程也很艱難。 阿塔和謝希在飛行考試不及格後多次轉學。 但他們繼續接受訓練，到 2000 年底，除了 Jarrah 之外，其他人都已累計飛行了至少 250 小時，並獲得了美國聯邦航空局 (FAA) 商業飛行員執照。 Jarrah 至少飛行了 40 小時，並已成為一名經過認證的私人飛行員。 隨後，三人參加了大型噴氣式飛機的模擬器訓練。
在 9 月 11 日之前的幾個月裡，至少兩名飛行員——漢居爾和賈拉——請求並隨後沿著哈德遜走廊進行了訓練飛行，這是哈德遜河沿岸一條繁忙的低空道路，經過世貿中心，漢居爾還在華盛頓特區上空進行了一次訓練飛行。2001 年初夏，所有四名飛行員都作為聯合航空公司的頭等艙乘客進行了跨國飛行，這使他們能夠深入瞭解機組人員的程式和飛行路線。
雖然劫機者飛行員確實沒有駕駛過商用飛機，而且飛行時間也遠低於美國聯邦航空局 (FAA) 航空公司飛行員執照所需的 1,500 小時，但他們實際上是經過認證的飛行員。 他們 9 月 11 日在波音駕駛艙內遇到的裝置與他們在襲擊前幾個月訓練的模擬器類似。 因此，他們以一定程度的能力操作飛機也就不足為奇了。 “當他們接管飛機時，它已經在飛行中了，”航空公司運輸專業飛行學校的飛行教練布萊恩·馬什 (Brian Marsh) 說，該學校在全國 25 個城市開設課程。 “他們所要做的就是即走即走。 這甚至比開車更容易，因為沒有道路。”
作為基本飛行訓練的一部分，劫機者接受了如何使用飛行管理系統和自動駕駛儀功能的培訓。 9/11 委員會報告稱，賈拉從邁阿密的一家飛行員商店購買了一臺行動式全球定位系統 (GPS) 裝置，他試圖購買四臺，但商店裡只有一臺庫存。 據報道，阿塔又購買了三個 GPS 裝置，並可能於 2001 年 9 月 10 日訪問了世界貿易中心，以獲得最終的 GPS 讀數。
飛行員只需將目的地座標輸入飛行管理系統，然後一邊看著導航螢幕一邊駕駛飛機，這四人在訓練中已經做過無數次了。 根據馬什的說法，飛機上的導航系統僅比量產汽車中的導航系統稍微複雜一些。 “導航系統會告訴你確切的位置，”馬什說。 “他們只需要看著螢幕。” 77 號航班的飛行資料記錄器（即黑匣子）顯示，漢居爾將自動駕駛指令輸入到了五角大樓以南不到 5 英里的里根國家機場。 他僅在飛行的最後八分鐘手動駕駛飛機。 迄今為止，還沒有其他證據表明 漢居爾的同謀駕駛飛機是手動還是自動駕駛。
雖然劫機者最終到達了四個目標中的三個，但電話記錄和空中交通管制記錄顯示，同謀者的飛行技能確實很初級，遠非頂級材料。 77 號航班的飛機急轉彎高達 330 度，有時還急劇下降。 陰謀論者將漢居爾的急劇轉變描述為控制者（他們認為當然不是漢居爾）高超飛行技術的證據。 他們忽略了轉彎實際上發生在五角大樓西南五英里處，可能是因為低於標準的飛行員意識到他的高度太高而無法擊中目標。
所有四架飛機上的乘客和空乘人員均報告飛行不穩定。 在 175 號航班上，乘客彼得·漢森 (Peter Hanson) 打電話給他的父親：“乘客們嘔吐並生病了。 飛機的動作不穩定。” 劫機者還表示，他們不知道如何在駕駛艙內進行基本控制。 在 11 號航班和 93 號航班上，他們無意中透過空中交通管制頻道而不是公共廣播系統向乘客釋出了廣播。
控制權後不久，四名劫機者就迫使飛機迅速下降。 在 9 月 11 日晴朗的情況下，他們能夠透過目視而不是透過儀表飛行（透過儀表飛行是一項難度更大的技能，儘管四人中的三人獲得了儀表飛行規則認證）。 飛行員還選擇了從遠處很容易識別的目標——紐約市天際線的兩座塔樓和華盛頓特區郊區的一個巨大的五面體建築群。他們有可能從最遠的地方就能看到這些建築物。 在那個明媚的初秋早晨，行駛了 50 英里。 “對於這麼大的東西，目標是視覺上的，”馬什說。 “這並不難。”
上午 8 點 44 分，乘務員瑪德琳·斯威尼報告說 11 號航班的飛行更加不穩定、尷尬。 我們正在迅速下降……我們到處都是。” 她的經理讓她看看窗外，看看是否能確定飛機的位置。 “我們飛得很低，”斯威尼說。 “我們飛得非常非常低。 我們飛得太低了。天哪，我們的地位太低了。”
兩分鐘後，飛機撞向世貿中心北塔。