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新城和大古正駕駛勝利飛燕一號在久良良群島上空巡邏，突然，飛機受到異常電磁波的干擾，二人還沒來得及穩住飛機，勝利飛燕號便墜入了海中，墜機二人組開場不久便上演了墜機秀。
基地內，新城妹妹真由美正在走廊上奔跑，樣子似乎非常焦急。這時，新城和大古迎面走來，兩人雖然遭遇了墜機，但所幸沒有大礙，新城腿部受傷拄起了柺杖，而大古手臂受傷被纏上了繃帶。
看到兩人都相安無事，真由美又恢復了少女的活潑，像之前在遊樂園裡那樣開起了新城的玩笑。
新城與真由美坐在長椅上攀談，這又一次展現了兄妹兩得真摯感情，新城雖然是個熱血青年，但也有著柔軟的一面，對待妹妹相當用心。
這時，真由美向新城透露了關於男友拓摩的事情，拓摩正乘坐飛機回日本參加摩托車比賽，並準備約新城見面。當聽見未來的妹夫想見自己時，新城表現出了跟所有哥哥對待妹夫時的那股醋意，新城對準妹夫的突然約見不知所措，吞吞吐吐地回了一句“拓摩很不錯”。而真由美預設了新城已經答應與未婚夫見面，興高采烈的去接機了。
真由美走後大古託著飲料走了過來，新城仍未從拓摩的事回過神來，他開始向大古吐露作為一個哥哥的苦惱，看著曾經在自己的保護下長大的妹妹即將投入另一個男人的懷抱，作為哥哥的心裡肯定不是滋味。這時，麗娜傳來資訊：飛來日本的國立槓航空206號班機在天上失聯。當聽到國立剛航空時，新城內心產生了一絲不安。
206號班機正在天空中飛馳，而遠處一團烏雲正向飛機飄來。機艙中的拓摩向乘務員確認飛機是否會準時降落，在得到肯定回答後，拓摩掏出了一個吊墜，裡面放著真由美的照片，照片中的真由美流露著燦爛的笑容，拓摩端詳著真由美的照片，露出了甜蜜的笑容，他馬上就能和未婚妻見面了。
突然，飛機發生異常的震動，原來飛機飛入了那團神秘的烏雲中，機艙內的乘客開始躁動不安，乘務員急忙安撫乘客的情緒。拓摩明顯有一種不祥的預感，他雙手握緊吊環，一團光把他覆蓋住。
大古和新城返回了司令室，大家向二人說出了飛機失聯的真相，一切還是加佐特搞的鬼。宗方下令準備出動迎擊加佐特，這時，新城不顧傷病主動請纓出戰。大古對新城的表現非常不解，他上前追問新城，新城告訴大古，206號航班正是真由美男友拓摩乘坐的航班，他不想再看到真由美難過，所以他誓死也要阻止加佐特的暴行。
而真由美正驅車疾馳在去迎接未婚夫的路上，她已經無法掩飾內心的喜悅。加佐特從雲團中衝出，它的力量比之前更加強大了，新城與大古駕駛著一號機趕到，並與加佐特發生了交火。
司令室內，眾人也開始對加佐特和克里特人進行更進一步的探討，加佐特之前被打敗後已經回到了電離層，但之後人類對電磁波的問題仍未能找到合適的對策，所以克里特人又受到了影響，於是重新回到地面報復人類。而這一次，它即將降落在片頭介紹的太陽發電實驗設施附近，一旦設施遭到破壞，東京將會毀於一旦。事態已刻不容緩，宗方馬上制定了策略，眾人出發迎擊加佐特。
真由美望夫心切，不顧TPC的阻攔，闖入了加佐特即將著陸的危險區域，加佐特攜帶有巨大的等離子能量，所到之處能使一切靠電磁波驅動的機械發生故障停止執行，真由美的汽車也被等離子干擾而失去了動力。
新城和大古趕來與宗方會和，他們決定展開地面行動，利用微波誘導裝置將加佐特引離太陽發電的設施，新城再次請纓親自攜帶誘導裝置引開加佐特，大古出於對新城的擔心，決定和他一起行動。
司令室內，居間惠隊長正在密切關注著前線的戰況，這時野瑞主動請求出戰，但居間惠隊長只是報以微笑，並沒有答應。野瑞作為計算機天才，一直都是在司令室內負責後勤，很少有機會去往前線參加作戰。
加佐特以極其震撼的方式著陸，它一著落便大肆進行破壞，首當其衝的便是真由美，新城和大古駕駛著裝載了微波誘導裝置的夏洛克巡邏車趕到吸引了加佐特的注意。這時，他們發現了倒在地上的真由美，正當他們準備上前營救時，巡邏車受到了等離子能量的干擾癱瘓了，形勢變得異常兇險。
這時，遠處一名男子駕駛著一輛黑色摩托車趕來，他主動提出由他引開加佐特，讓新城和大古去營救真由美。大古為男子的摩托車裝上了微波誘導裝置，男子敦促新城趕快去救真由美，此時，新城認出了男子就是真由美的未婚夫拓摩，但拓摩沒有多說什麼，啟動了摩托車疾馳而去，加佐特被微波吸引，開始轉向去追擊拓摩。
新城趁此機會救走了真由美，他們怎麼也不會想到，會以這樣的方式和拓摩見面。加佐特步步緊逼，拓摩危在旦夕，大古為了掩護拓摩，躲到暗處變成了迪迦與加佐特展開戰鬥。
與此同時，林輝也看不下去了，其實他一直很矛盾，因為加佐特被電磁波影響這件事人類是知道的，可是人類並不能放棄使用電磁波。林輝一直在想，到底人類對地球的作為是好是壞。但是看到加佐特肆無忌憚的破壞，他知道，有時候真的只有一條路可以走。
加佐特比之前更加強大，迪迦陷入了苦戰，林輝不再猶豫拿出進化信賴者變身奈克瑟斯幫助迪迦，最終在迪迦強力型的迪拉修姆光流和奈克瑟斯的十字光線風暴中結束了戰鬥。
加佐特被成功消滅，瀰漫的等離子能量也開始消散。這時，一陣薄霧飄來，在霧中，拓摩駕駛著摩托車出現，真由美與未婚夫期待已久的重逢終於得以實現，但卻也是永生的訣別。了卻了心願的拓摩，與真由美作了最後的道別，然後在隨著薄霧消失，只留下了那個他作為信物的吊環。真由美撿起那個吊環，悲痛欲絕，撲倒在哥哥新城的懷中崩潰地哭泣。
一切又恢復了寧靜，這時，隊長傳來訊息，拓摩乘坐的206號航班已確認墜毀，機上人員無一倖免。崛井不禁發出感想，一直有傳言說人的靈魂是由等離子構成，也許正是因為加佐特強大的等離子能量，才使得拓摩還魂。