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大古和麗娜開著夏洛克巡邏車在街道上疾馳，他們正在驅車前往一處填海工地調查事件，大古邊除錯著裝置邊和麗娜閒聊。
該工地在幾十年前仍是一片大海，工人們在施工的時候發現了一個類似時空膠囊的物體，麗娜和大古用帶來的裝置對物體進行檢測，發現其很可能不是地球上的物體。
這時，工地旁邊走出一名女子，她吹響了掛在胸前的類似笛子的樂器，伴隨著吊墜的音樂，時空膠囊居然產生了震動。然而，該女子因為過度虛弱，體力不支暈倒在地。大古和麗娜上前檢視女子的情況，大古看著女子的臉感到有些訝異，他似乎認識這名女子。
大古和麗娜把時空膠囊和女子都帶回了基地。經過堀井的檢查，這個時空膠囊十分堅硬，用人類的技術根本無法破拆。
居間惠隊長詢問起了那名女孩的情況，大古搶在麗娜前頭通報了少女的情況。
大古和麗娜去病房探望少女，大古一上來就非常積極地和她搭訕，大古表示好像曾經在哪裡見過她。在大古和麗娜的不停追問下，情緒低落的少女終於說出了自己的名字叫“沙紀。
林輝知道沙紀最後也是會跟瑪奇那離開地球，也就沒有管太多。但是他還是跟大古說了這件事。
“大古，沙紀只是被困在地球回不去家，到時候會有一個怪獸來接她回家的，如果莎紀有危險的話你要記得救下她。”
晚上，崛井在基地的走廊邊吃著蘋果邊走動，這時，存放時空膠囊的實驗室傳出一陣奇怪的音樂。崛井走進實驗室檢視，發現沙紀正站在時空膠囊旁邊吹著脖子上的吊墜，伴隨著悠揚的音樂，時空膠囊的外殼居然開啟了。膠囊射出一道刺眼的光束直插雲霄，沙紀趁堀井不備衝出了基地。
那道光彷彿是起到引導的作用，隨後宇宙站便探測到有一個神秘的物體向地球飛來。類似球狀的物體降落在東京海灣附近。不明物體張開了外殼，怪獸瑪奇那出現。
瑪奇那向著市區進發，趕來的GUTS向瑪奇那發動了攻擊。但瑪奇那用自己堅固的外殼抵擋住了GUTS的攻擊。瑪奇那並沒有大肆破壞城市，它似乎在尋找著什麼。隨著黃昏的降臨，瑪奇那一番找尋無果後再次合攏了外殼變回一個球體，進入了休眠狀態。
TPC仍然不敢掉以輕心，他們在瑪奇那的繭周圍安營紮寨時刻監視著瑪奇那的動向。此時，大古向麗娜道出了他與沙紀的際遇：大古小時候有一次在海邊迷了路，正當他獨自在海邊推著腳踏車漫無目的地行走時，他遇到了少女沙紀，沙紀為他指引了回家的路，而沙紀則表示她一直都在等人接自己回家。聽了大古的講述後，麗娜感到非常不可思議，十多年過去了，沙紀居然仍然保持著年輕的容顏。
對沙紀的檢查結果也出來了，結果顯示沙紀的體溫只有31°，根本不是正常人類的體溫，這進一步印證了麗娜的猜測：沙紀很可能不是地球人。
麗娜與野瑞透過先進的阿卡西檢索系統來調查沙紀身上的吊墜，搜尋結果令他們大吃一驚，他們居然在不同年代的記錄中都發現了沙紀的身影，這說明沙紀在地球至少已經生活了兩百年。
前線的作戰仍在進行，但瑪奇那顯然戰意不足，它坐在地上不停地哭喊似乎在尋找什麼。這時，遠處又傳來悠揚的音樂，沙紀正吹著吊墜越過TPC的自動防禦系統向瑪奇那走去。
看到沙紀後瑪奇那又恢復了活力。趁著瑪奇那放鬆警惕的時候，自動地雷再次向瑪奇那開火。正在這千鈞一髮之際，迪迦出面幫助瑪奇那擋下了自動地雷，TPC見到迪迦出面也不著急了。他們在旁邊靜靜的看著迪迦的動作。
沙紀看出了大古就是迪迦，它向大古道出了她與瑪奇那的關係：原來瑪奇那並不是兇惡的怪獸，它此行的目的只是為了接沙紀回家。沙紀在地球流浪了上百年卻無法與瑪奇那取得聯絡，直到那個時空膠囊被挖出來，她的回家計劃才出現了轉機。
但是她不知道大古已經知道了瑪奇那來帶莎紀回家，但是這麼說肯定不會有多少人相信，所以大古才決定以迪迦的身份出面讓瑪奇那帶莎紀回家。
沙紀向迪迦（大古）表達了感謝，隨後與瑪奇那平安地離開了地球，大古也平安無事地回來了，故事圓滿落幕。