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大古和新城正駕駛著勝利飛燕一號巡邏，他們邊飛行邊談論著在最近發生的吉普他三號探測飛船神秘失蹤的事件，說到這裡，新城露出一副若有所思的樣子。
突然，飛機探測到一個不明物體正從太空向地球降落，GUTS根據其墜落軌跡推算出不明物體的著陸地點在鹿島，而鹿島附近恰巧有宇宙開發局的設施，形勢變得十萬火急。
而林輝雖然知道劇情但是即使他說出來其他人也不一定相信。
不明物體墜落在海邊，怪獸立加德隆以相當震撼的方式登場了。它迅速向岸上進發，輕而易舉便攻破了宇宙開發局的防禦，然後吸收開發局儲存的高純度能源。
開發局的人員馬上啟動了防禦系統DCS將立加德隆困住，正當他們以為能源被成功守住時，立加德隆的眼睛發出奇怪的光線，防禦系統發生了故障，隨即崩潰。立加德隆如入無人之境般吸乾了開發局的能源後像火箭一樣飛向天空，全身而退。前來阻止立加德隆的勝利隊隊員們都對立加德隆的強大實力感到震驚。
大家原本認為固若金湯的防禦系統DCS居然對立加德隆毫無作用，GUTS隊員和開發局的員工們都對此百思不得其解，然而剛讓他們詫異的是，開發這套系統的正是前不久失蹤的木星三號飛船中的其中一名人員江琦博士。這意味著此次出現的怪獸必定與失蹤的木星三號有著某種關聯
吉普他三號的三名宇航員與各自的家屬玩耍的場面很溫馨，但他們不久後就又消失不見了。開發局和TPC都對三位宇航員突然在地球上出現的現象感到十分不解，他們認為這與此前的怪獸事件有所聯絡，於是秘密展開調查。
然而，新城卻對開發局不斷騷擾宇航員家屬的行為十分不滿，而隊長卻表示這件事由開發局負責，並不在TPC的職權範圍之內，他們無權干涉。新城感到十分不快，他打算親自去制止宇宙開發局這種行為，卻被居間惠隊長阻止了。
大古看出了新城對這次的事件十分介意，於是在新城獨自一人的時候找到他，與他促膝長談。新城對大古吐露了自己的心聲：新城對開發局無視宇航員家屬失去親人的悲傷，只顧調查事件的行為感到寒心，新城一直對航天工作者有著很深厚的情感，他為這三位宇航員的遭遇感到痛心疾首。
TPC從立加德隆遺留在現場的碎片中提取到了木星三號的成分，這進一步印證了他們關於木星三號被怪獸襲擊的猜測。
此時，野瑞進入了江琦博士研究室的安全電腦，找到了其在失蹤前留下的一段自述：
原來，吉普他三號在太空航行途中，被一團神秘的光束襲擊，這團光束讀取了這三位宇航員的記憶和思想，然後和整個飛船同化，形成了如今的怪獸立加德隆。立加德隆是一頭只知道吸收能源而沒有任何人類感情的怪物，所以它無法理解這三位宇航員的人類感情，宇航員利用立加德隆的能量，將自己的情感實體化，才有了之前他們出現在地球與家人團聚的場景。江崎博士在失去意識前留下了這段獨白，為的就是能有人看到，從而避免更大的悲劇。
這時，司令室的電話響起，立加德隆在鶴崎發電站出現，企圖吸收發電站的能源。而TPC高層也下達了徹底消滅怪獸的命令，看來一場大戰已在所難免。但此時，新城卻猶豫了，既然現在三位宇航員已經成為了立加德隆的一部分，那麼他們向立加德隆開戰便相當於向自己的同胞開戰，新城覺得這種做法非常不妥。
立加德隆向著發電站進發，新城和大古林輝駕駛的勝利飛燕一號在戰鬥中被立加德隆擊落，墜機二人組帶著一個旁觀者成功完成了首秀。大古安頓好受傷的新城後，拿出神光棒變身迪迦迎戰立加德隆。林輝並沒有那麼著急變身，他在旁邊看著迪迦的戰鬥。
立加德隆體內有高純度的能源，所以其實力十分強勁，甚至連強力型迪迦都不是其對手，迪迦的能量急劇地消耗，形勢變得十分嚴峻”
這時，新城心生一計，他讓野瑞將三位宇航員的家屬照片等資料傳送到木星三號的電腦中。戰場的形勢仍在惡化，迪迦開始體力不支，被立加德隆牢牢控制住。突然，立加德隆的身軀開始冒出火花，它體內的能源正慢慢流失。由於看到了家人的資訊，三位宇航員的人性開始甦醒，他們從內部奪走了立加德隆的能量，令其力量急劇下降。最後，立加德隆的能量耗盡，三位宇航員脫離了立加德隆的控制，化為三道光飄向天空。
在這個時候林輝變身奈克瑟斯用時空之力逆轉了三位宇航員的時間，把他們救了回來。雖然只是調動了一部分時空之力，但是對於現在的奈克瑟斯來說消耗很大。
而三名宇航員被救回來後，立加德隆則變成了一具無法活動的空殼，迪迦切換回複合型，用哉佩利敖光線將其摧毀了。
三名宇航員看著奈克瑟斯說：“謝謝你奧特曼，謝謝你救了我們。”
奈克瑟斯能量消耗比較大，迪迦的計時器也閃了紅燈。奈克瑟斯用自己的光把三名宇航員帶到了地面上，並朝著他們三個點點頭，之後就跟迪迦一起飛走了。