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百年前暗黑族向夸克族發動了戰爭，萌學園作為最前方的防線，與暗黑大帝進行戰鬥，但奈亞公主未出現，五位萌騎士力戰不敵，眼看暗黑大帝就要突破萌學園時，奈亞公主及時出現，召喚索雷伊聖劍，結合萌騎士五星能量合力擊敗暗黑大帝，並被五位萌騎士驅逐到地下水道，但奈亞公主卻因此獻出自已生命，化作一顆璀璨的寶石，永遠留在了萌學園的閣樓之上。這次戰爭被後人稱作黑誇大戰。
暗黑大帝被打敗時，四顆靈石也被打散，下落不明，唯有塔塔魯石留在暗黑大帝身邊，因此得以保住暗黑大帝，使其變成冥火得以存活。
百年間，被驅逐到地下水道的暗黑大帝休養生息，看似平靜，實則派暗黑小兵四處尋找被打散的靈石，觀察萌學園的動向。
百年後，四顆靈石現世，輪迴血石透過蠱惑萌學園的學生回到了暗黑大帝的身邊；冥月頑石則被封印在現任月之星烏克娜娜的身上，後被暗黑臥底偷襲，取走了冥月頑石；黑磁石則被封存在長老會的密室，暗黑臥底司徒朗趁無人看守的時候盜取黑磁石，但黑磁石上有奈亞公主的悲傷之淚，所以暗黑大帝在得到的時候左眼受到了很重的創傷，暗黑臥底也因此被暗黑大帝處決。
智之星謎亞星相信司徒朗，鑄成黑磁石被成功盜取，因此被萌騎士炎之星焰王質疑。謎亞星為打破質疑，私自查閱暗黑檔案X，導致臉被抹黑消失，智之星因此隕落。焰王並沒有真的怪他，只是需要他向被誤會的人道歉。
海地司被歷代智之星封印，只有智之星才能開啟，臨時智之星哈里波波開啟了海地司，眾人才知道哈里波波是智之星。
暗黑大帝得知智之星隕落，並感受到海地司的能量，便派暗黑小兵大舉進攻萌學園奪取海地司，危急時刻，熇炎帶著海地司進入反噬鏡以保護萌學園，但也因此讓時空裂縫的封印出現裂縫。
萌騎士們合力擊退暗黑勢力，在歐斯蓋達校長的帶領下，五星能量召喚五芒星魔法陣封印地下水道，萌學園得到了短暫的和平。
謎亞星在期間回到萌學園，保護同學們。戰鬥結束後，歐斯蓋達校長將謎亞星叫到校長室，檢視了謎亞星的圖騰，發現變成了紅色，這讓歐斯蓋達也不清楚，只好之後向長老會詢問。哈里波波在完成對抗暗黑勢力的任務後，也是成功卸任，但新的智之星還沒有出現。
萌學園在大家的共同努力下，恢復了往日的風采。魔法預言書在無人的時候發出預言：“齊領五星，召喚聖劍，夸克族之星，聖光聚集，奈亞公主即將現身。”
……
謎亞星的紅色圖騰代表著什麼？時空裂縫的封印出現裂縫又會帶來什麼樣的危機？進入反噬鏡的熇炎帶著海地司去到了哪裡？這一屆的奈亞公主又會是個什麼什麼樣的呢？
危機接踵而至，萌騎士又將如何應對？