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1949年9月25日、26日，陶峙嶽等代表國民黨新疆軍隊、包爾漢等代表國民黨新疆政府宣佈和平起義，接受中國共產黨的領導，至此，實現了和平解放。以陶峙嶽、包爾漢為代表的軍政領導為新疆和平解放作出不懈努力，他們粉碎了頑固派及其分裂主義勢力破壞和平，阻止新疆和平解放的狂潮動。新疆的進步力量在和平解放新疆的程序中作出了傑出貢獻。
民國時期，封建軍閥以及國民黨反動派對新疆地區進行殘酷統治，各民族內部封建勢力與之相互勾結、狼狽為奸，帝國主義向新疆擴張勢力範圍，這些都嚴重阻礙了新疆經濟社會發展，各族人民深受剝削壓迫、貧困苦難的煎熬。推翻封建軍閥和國民黨反動統治、驅逐帝國主義勢力，成為新疆各族人民的根本要求。1944年8月至1949年10月，新疆伊犁、塔城、阿山（今阿勒泰）3個地區維吾爾、哈薩克等各族群眾發起反對軍閥、反抗國民黨反動統治和帝國主義侵略的武裝鬥爭，通常稱之為三區革命。
這場鬥爭歷時5年，以1946年6月新疆聯合省政府成立為界線，大體劃分為兩個時期。前期為1944年8月至1946年6月，由於缺乏中國共產黨的領導，由於蘇聯別有用心的干預，混入革命隊伍的民族分裂主義分子一度竊取領導權，煽動民族對立，建立分裂政權，犯有民族分裂的嚴重錯誤。蘇聯別有用心的干預，是三區革命誤入歧途的重要原因。後期為1946年6月中旬至1949年10月，在中國共產黨影響下，以阿合買提江、阿巴索夫等為代表的進步力量掌握了三區革命領導權，主動與中國共產黨聯絡，自覺接受中國共產黨領導，把三區革命引向正確軌道，匯入中國人民民主革命的洪流。
三區革命是反抗封建軍閥、國民黨反動統治、帝國主義侵略的武裝鬥爭，與中國人民民主革命的性質、物件和目標相同，從本質和主流看，是全中國人民民主革命的一部分。三區革命推翻了國民黨在三區的反動統治，打擊和動搖了國民黨反動派在新疆的統治地位，牽制了國民黨10萬軍隊，有力支援了全國特別是西北的解放戰爭，為新疆和平解放、維護祖國統一作出了重要貢獻。必須充分肯定阿合買提江、阿巴索夫等三區革命主要領導人的歷史貢獻。
1949年，全國解放戰爭進入尾聲，解放新疆提到議事日程。同年3月，在中國共產黨七屆二中全會上，黨中央對解放新疆問題作了周密部署，決定派王震部進軍新疆。中共中央透過張治中、屈武等人，對國民黨駐新疆的陶峙嶽、包爾漢和劉孟純等軍政要員做工作，勸他們根據形勢發展共商對策，走和平起義的道路。
1949年8月14日，中共中央派鄧力群以聯絡員的身份從莫斯科進入新疆伊梨，與三區革命領導人會面，瞭解三區情況，確定參加新政協人員名單；9月15日，鄧力群進入迪化，同新疆警備總司令陶峙嶽、新疆省政府主席包爾漢商談新疆和平解放問題。在此期間，建立了“力群電臺”，為黨中央隨時掌握新疆各方面情況，領導新疆和平解放提供了重要依據。
1949年8月，應中共中央邀請，三區派阿合買提江、阿巴索夫等5人作為新疆代表參加第一屆全國政協會議。飛機不幸失事，機上人員全部遇難。9月，三區改派賽福鼎、阿里木江、塗治3人作為代表參加第一屆全國政協會議。鑑於陶峙嶽、包爾漢等決定和平解決新疆問題，張治中也答應幫助解決新疆問題，中共中央認為“新疆已不是戰爭問題，而是和平解決的問題”。9月10日，毛澤東致電彭德懷，要求“集中注意力爭取於十一月初、中旬由玉門向新疆進軍”，“應設立西北軍政委員會，統轄西北五省軍事、政治、經濟、文化等各方面工作”。 9月26日，再次致電，待新疆和平解放後，“就邊區政府基礎成立西北軍政委員會。
當時負責西北五省工作的仍是中共中央西北局分別擔任第一、第二、第三書記。由於彭德懷在前線指揮第一野戰軍，挺進甘肅、寧夏、青海、新疆等地，賀龍奉中央之命，籌備率軍入川事宜，因此這一時期，中共中央西北局實際上主持全盤工作。主持完成了接管舊政權、安定社會秩序、支援西北前線等各項工作。
1949年9月25日，在人民解放戰爭取得決定性勝利形勢下，在共產黨統一戰線工作推動下，新疆警備總司令陶峙嶽釋出起義通電；9月26日，新疆省政府主席包爾漢也釋出省政府起義通電。10月1日，莊嚴宣告，中華人民共和國成立。中華人民共和國的成立，結束了一百多年來中華民族被侵略、被奴役的歷史，開闢了中國歷史新紀元。
儘管陶峙嶽等宣佈起義，新疆得以和平解放，但新疆社會局勢並不安穩，仍有特務分子及少數反動軍官制造叛亂、燒殺搶掠、殘害百姓。客觀形勢要求人民解放軍必須加緊準備，火速入疆，以鞏固起義成果，使新疆人民真正獲得解放。1949年9月27日，正在籌劃進軍新疆的彭德懷從蘭州發來電報：“入新部隊經費無著。祁連山及西寧周圍山上最近已全部降雪，棉衣運不到，凍病者不少。西北除漢中外算是全部宣佈解放，因此各項工作須有一個全盤（五省）籌劃，尤其是經濟建設。”10月10日和17日，又先後接到彭德懷從甘肅酒泉發來的電報：“新疆和平解決已經大體成功。第三軍擬於十月二十日後南移到天水附近集結…”“以現有汽車嚴冬前運兵南疆甚為困難。如嚴冬前我軍不能到達目的地，今冬即不可能籌備來春生產。為克服困難，蘭州、西安須儘可能集中較好的車子帶汽油來酒泉。”面對西安、蘭州等地經濟困頓、災情嚴重的實際情況，組織和動員各方面力量，在做好群眾工作的基礎上，千方百計透過各種方式籌集軍需供給，確保了支前任務的完成。
1949年11月8日，中共中央新疆分局成立。12月17日，經中央人民政府批准，新疆軍區和新疆省人民政府宣告成立，彭德懷為軍區司令員兼政委，第一副司令員王震，第二副司令員陶峙嶽，第三副司令員賽福鼎・艾則孜；包爾漢任新疆省人民政府主席，高錦純、賽福鼎・艾則孜任副主席。新疆和平解放後，正式組建西北軍政委員會的時機已經成熟。1949年11月17日，中共中央西北局擴大會議在蘭州舉行，決定以彭德懷為主席，領導西北軍政工作。1949年12月2日，中央人民政府委員會第四次會議討論並透過了政務院提議的華東、中南、西北、西南軍政委員會主要負責人員的任命名單。12月16日，政務院第十一次政務會議透過了《大行政區人民政府委員會組織通則》，規定大行政區軍政委員會既是各該區所轄省（市）高一級的地方政權機關，又是中央人民政府政務院領導地方政府工作的代表機關。1950年1月19日，西北軍政委員會在西安成立，彭德懷任西北軍政委員會主席，表示“我們深信建設新的大西北的光榮事業是一定會成功的”。從此，新疆在中共中央及西北軍政委員會的領導下，進入了一個嶄新的歷史時期。