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雨之國又再度安靜下來，曉組織的新人除了寧次都沒有留在這裡。
寧次的搭檔阿飛出現跟他打了個招呼之後就消失了，人也找不到。
除非打團，去捕捉尾獸，這個人不會出現。
這樣寧次就尷尬了，曉組織的規定外出一定要兩人一組，彼此監視，失去阿飛的蹤跡，寧次就沒有辦法出門，只能在雨之國內晃盪做個街溜子。
大部分時間都在雨之國處理事務的小南，對於寧次這個整天遊手好閒的行為實在看不下去，於是雨之國又多了一位“白眼”大人。
小南安排寧次做的主要的工作是負責監視雨之國的情況，這對於日向一族來說，非常簡單的事情。
雨之國並不是每天都下雨，只是雨量比其他國家多一些，不然雨之國的糧食就沒辦法種植了。
每個星期日，佩恩會利用雨虎自在之術在雨隱村下雨，雨水裡麵包含佩恩的查克拉。透過雨滴與每個人的接觸，可以識別外來的查克拉。
這種大範圍的忍術，需要的查克拉量也是巨大的，不可能每天都用。不過每週一次篩查外來人，讓長期潛伏的間諜無處可躲。
雨虎自在之術的效果就在於別人不知道，常年下雨的雨之國，會用這種方式來偵查識別外來者。
它對於常規的暗部制度的缺點也很明顯，無法實時識別，對於一個正好星期一到達雨之國，星期六離開的間諜，對於這個時間段的間諜就等於隱身了。
因此小南一直以來都想找一個人輔助她對雨隱村進行治理，寧次出身名門，身份高貴，擁有忍界三大瞳術白眼的血繼限界，對村子的監視效果事半功倍。
走馬上任的第一天，寧次就意外地發現了隱藏在雨隱村的雨忍餘孽。這些餘孽對於佩恩的雨虎自在之術非常瞭解，包含查克拉的雨滴，只要在雨隱村待的時間久了，肯定會發現端倪，大家都不是傻子。
不過即使如此，發現這點秘密還是耗費了許多人命才能得到。忍者的忍術秘密是每一個忍者的安身立命的根本。
寧次的日之呼吸模式也是如此，在進入雨之國後，他就沒有繼續修煉改善這個模式，畢竟是曉的地盤，很容易就可以發現他的秘密。
三個月後，寧次基本上肅清了隱藏在雨隱村的雨忍餘孽，白眼的透視眼對於發現一些人的秘密簡直不要太簡單。
這段時間裡，博覽群書的寧次在小南的手下簡直鶴立雞群，雨隱村是一個小村，不過這個小是相對於五大忍村來說的，作為忍界出名的雨隱村，跟忍界其他國家比起來規模還是很大的。
村子一大，裡面的人和事就會紛繁複雜，在曉組織的高壓統治之下，很多事村民都不會擺在臺上做，會放在地下進行。
這就讓一些原本很簡單的事情變得複雜，尤其中間還夾雜著雨忍餘孽，就會變得更加複雜。
在寧次的白眼的輔助下，對雨隱村的事務進行了一次簡單的梳理，而逐漸肅清的雨忍餘孽讓事情從複雜變得簡單。
很快雨隱村的事務在寧次的手中變得井井有條，讓一直獨立支撐雨之國事務的小南心情也變得愉悅很多，開始出現了笑容。
“南姐，關於雨隱村的情報組織，請儘快組建。關於忍界的一切情報都依靠絕的提供，無論如何都太冒險了。”
在獲得小南的信任之後，寧次開始了他對曉組織的改造。為什麼絕和帶土可以在幕後操縱曉組織的方向，就是因為曉組織的人員少，很多的東西需要依靠他們，尤其是情報方面。
不能否認，絕是忍界第一情報大師，如果他對曉組織忠心耿耿，那還沒問題。問題就在於絕對於曉組織也只是利用關係。
“我翻閱了雨隱村的資料，上面有關於曉的記錄，對於曉組織的第一任首領彌彥的死，上面也有詳細的記錄，我看完後的第一感覺就是曉沒有自己的情報組織，才導致組織的首領陷入敵人的包圍陷阱。”
“任何忍村的建立，第一個建立的組織都是暗部，暗部的既是村子的耳目，也是村子的保衛力量，曉缺乏這樣的機構。”
“如果曉組織只是一個忍界的傭兵小組織，情報機構就是不必要的，但是既然我們佔領了雨之國，作為一個忍村，擁有自己的情報機構就是必要的。而且我建議建立這個組織之後，讓這個組織只為首領負責，由南姐負責領導。”
寧次的話一開始還說得很含蓄，後面可能說多了些，意思也開始明顯，那就是寧次認為雨之國的事務是要跟曉組織進行切割，把曉組織的其他成員變成類似於根的機構，跟雨之國的其他機構平行獨立。
“你的想法很好，不過這些事我需要跟首領商量一下。”小南有些被寧次說服了。
曉組織的成員其實在小南的心中，不過是他們實現彌彥理想的工具，因此他們才會吸納忍界強大的叛忍作為成員，一開始的目的就是打算把這些叛忍當成耗材來用。
曉組織在原時空中，佩恩對於曉組織成員的死亡一點都沒有心疼，就是因為全體曉組織成員都是各懷目的加入曉的。
對於自己的搭檔死亡都不會覺得可惜，更何況其他的成員。寧次的到來打破了曉組織的架構，他沒有參與曉組織的任務執行，反而深度參與了雨之國的管理工作。
因此寧次區別其他曉組織成員的身份，成為小南信任的人。
小南的匆匆離去，讓寧次感覺到他的目的應該可以達成，長門是一個沒什麼主見的人，以前聽彌彥的，現在聽帶土的，他本身就是一個不太喜歡思考的人。
他的一切行為都來自於應激反應，最明顯的一次就是佩恩襲擊木葉行動，在找不到九尾蹤跡之後，本來計劃撤退的長門，卻被綱手的幾句話激怒，對木葉實施了超·神羅天徵。
耗費了巨量的查克拉，導致後被鳴人反殺，在尾獸捕捉計劃即將成功的時候功虧一簣，讓帶土撿了便宜。