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佐助叛逃事件導致了很多的後果，比如木葉新三忍的成型。強者在失敗之後，只會更加努力，爭取下一次成功。
春野櫻拜入綱手的門下學習醫療忍術，她從小就是一個學霸，可以不作弊直接筆試滿分，查克拉的精細程度很高，擁有這兩個條件的人直接就是醫療忍者的好苗子。
在佐助離去之後，小櫻痛恨自己的無能，她想跟隨佐助而去，卻被佐助嫌棄。這時候她才真正認識到她跟佐助和鳴人兩人的差距。
下定決心，知恥後勇的小櫻在進入綱手的門下後拼命努力學習和練習醫療忍術，努力跟上兩位隊友的腳步。
鳴人在佐助離去之後感受到了前所未有的孤獨，渴望別人認可的他，卻被隊友佐助視為累贅，在木葉的時光嘲笑為玩忍者遊戲。
自來也的迴歸讓鳴人的孤獨感消散了不少，因此他提出帶鳴人出去修行後，鳴人一口答應下來，鳴人最近力量都來自於自來也教授的忍術，無論是通靈術還是螺旋丸，都讓他快速接近甚至超越他心目中的對手宇智波佐助。
跟著自來也出去旅行的好處就是可以緩解他的孤獨感，木葉有他的朋友，但是不多，真正被鳴人認可的朋友其實只有佐助一個，小櫻是喜歡的人。
火影爺爺已死，綱手婆婆業務繁忙，伊魯卡老師更是親人，更像是他的父親。人到了一定的年齡，親人固然重要，其實更渴望的還是朋友的認可。
暫時的離開，鳴人可以全身心得投入到修煉之中，努力修煉，以後把宇智波佐助帶回木葉。
日向道間在族長的親自指點下，開始他更加刻苦的修煉，他的目標更加清晰了，那就是要證明在日向家族鍛煉出來的忍者也可以超越日向寧次這個野生的強者。
奈良鹿丸作為佐助叛逃事件的追擊小隊長，面對敵人卻沒有能力制服敵人，悔恨不已的他在父親奈良鹿久的指導下開始刻苦的修煉，一改之前懶散的性格。
秋道丁次在追擊中面對強敵服用第三顆秘藥，瀕臨死亡。在養好身體後，開始跟隨父親秋道丁座刻苦修煉家族忍術。
宇智波佐助在大蛇丸的音忍村正式開始他的修煉，面對貪圖他身子的大蛇丸，佐助渴望變得更加強大，將來可以殺死他的哥哥宇智波鼬，為家族報仇，為父親母親報仇。
木葉十二小強，正式成型。
。。。。。。
寧次成為雨隱村的暗部部長之後，在村子裡面建立了一個基地，離長門和小南的住所不遠。
擁有自己的房子之後，他終於可以安心地在裡面修煉而不需要考慮被人偷窺。寧次搬離高塔的房間之後，暗部也跟著聚集在他的房子附近。
對於寧次的搬離，小南和長門都沒有意見，寧次已經得到他們的信任，自然不需要再把寧次置於眼皮底下進行監視。
暗部的工作進展很順利，在得到雨之國的財政的支援下，忍界五大國都有雨隱村暗部的人員進駐收集情報。
暗部的收集情報的方法也比較安全，寧次一直都認為除非這個情報價值千金，關係許多的性命，不然就不需要暗部的人豁出性命來傳遞。
因此暗部事實上變成了雨隱村唯一的一個上升通道，成為雨隱村炙手可熱的部門，小南作為暗部成員的篩選者，聲望比之前更加的高。
事實上證明你對別人無論多好，都比不上你掌握他前途時，更加受人尊敬和愛戴。雨之國的忍者在山椒魚半藏死後，就一直都處於忙於生計的狀態。
忍者作為一個高收入群體，自己的妻子還需要去夜店做陪酒補貼家用，在忍界的任何國家都是不可想象的。
只有封閉的雨之國以及強大的佩恩高壓統治之下，才可能出現擁有力量的忍者混的不如普通民眾的局面。
暗部的成立打破了這個局面，讓忍者群體看到了上升空間，而且暗部的高工資，以及寧次的使用謹慎，讓更多瞭解內情的雨忍對於暗部和寧次的推崇更上一層樓。
也不是所有人都喜歡暗部，像帶土和絕就非常的不喜歡暗部，在擁有暗部之後，曉組織獲取情報的來源多了一個渠道，讓他們無法像以前那樣壟斷情報，暗中擺佈曉組織。
宇智波帶土的確是曉組織的幕後操縱者，不過長門作為一個頂級的影級強者，他不可能使用強迫的手段，只能用引導的方式來實現他的目的。
曉組織的創始人長門和小南，對於自己找上門來的帶土，始終是帶著警惕和戒備。帶土事實上也無法控制曉組織成員的行動，他們都是小南和長門招攬過來的。
在曉組織裡面帶土最忌憚的人就是他的同族，宇智波鼬。面對宇智波鼬的超強的幻術能力，帶土沒有必勝的把握。
現在毫無疑問，日向寧次也變成了宇智波帶土想要拔除的人，這個人來到曉之後，就讓曉組織背後的雨隱村發生了巨大的變化，而他寧次做的事僅僅只是成立一個暗部。
暗部的成立也讓帶土在雨之國的行蹤不再像之前那麼隨意，因為他也不知道暗部具體人員的名字和樣貌，萬一在跟絕密謀的時候，被暗部的人探聽到了，他在長門中的信任列表再下降，對長門的控制會變成困難。
“既然他是我的搭檔，只要製造出一起事件，讓日向寧次離開雨隱村，我就可以在任務中控制他，讓他為我所用。”
宇智波帶土對於自己的能力還是很自信的，幻術能力他比不過宇智波鼬，不過面對一個日向家族的人，幻術還不是簡簡單單。
“絕，什麼事件可以讓日向寧次離開雨隱村？”
“或許我們可以刺殺火之國大名，順便把隱藏在火之國的暗部殺掉，作為暗部部長的他一定會出來調查。”
“只要他出村，曉組織規定行動一定要兩人一組，身為阿飛的你就可以順利的跟著他一起出發，路途中無論是控制還是殺掉，機會都很多！”
“就這麼辦吧！今晚我要火之國的新大名死！”