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13英桀企劃：愛麗希雅向【逐火之蛾】高層提出13英桀設立，但是由於融合戰士數量的稀少，以及融合戰士CM-001 凱文在約束的慘劇中的駭人表現。13英桀制度被否認，【逐火之蛾】高層嘗試提出5英桀制度作為替代被愛麗希雅否決。第二天愛麗希雅在【黃金庭院】向夥伴宣佈13英桀成立。事後13英桀開始將被調往各個基地。愛麗希雅在離開前委託維爾薇製作往世樂土的巨大裝置，透過名為【SO-1129】的手術對13英桀的人格記憶進行保留更新。
調派基地前，千劫向凱文發起挑戰，結果落敗。
13英桀進行第一次也是最後一次團建活動，拍攝電影《夏日生存狂想曲》，拍攝結束後集體觀影。
【恆沙計劃】：利用【神之鍵】千界一乘的空間能力，交由精神系融合戰士蘇對平行世界進行觀測學習並且尋找對抗崩壞的方法。
梅博士和人工智慧AI普羅米修斯進行登月，透過對月球遺蹟的檢測最終得出五萬年輪迴的結論，根據經驗判斷一共將會有14位律者，並且一切會在終焉律者手中毀滅
融合戰士CM-004 櫻的妹妹鈴被檢測出體內龐大的崩壞能，疑似為第十二律者的真身。融合戰士CM-002 愛麗希雅自稱接受任務前往三千公里外追蹤捕獲律者吸引【逐火之蛾】其他高層注意，實際上由梅博士以組隊提議為藉口傳喚櫻，愛麗希雅出現在房間密談中私下告知櫻關於第十二律者的訊息，boshi給予櫻機會暗中帶鈴逃跑。櫻回到家中後試圖偷偷帶著妹妹逃跑，但是鈴出於對姐姐的關懷和對世界的擔心拒絕逃跑主動前往【逐火之蛾】進行看守。
持續的關押消磨了鈴和【逐火之蛾】看守的意志，雙方都開始感到恐懼和孤獨受到心靈的折磨。但是出於作為領導的責任梅博士不能輕易放走疑似律者的關押物件。在基地中存放著大量核彈，一旦關押物件成為律者，核彈將作為最後的消滅律者手段。
第十二次崩壞：在融合戰士CM-002 愛麗希雅的協助下，融合戰士CM-004 櫻潛入關押基地試圖拯救妹妹鈴。同一日，基地內的看守們在【戒律】結合恐懼的影響下殺死了鈴，第十二律者覺醒。第十二律者覺醒後生成了大量黑霧從下層侵蝕了看守將整個基地的人類開始轉換為死士。
融合戰士CM-004 櫻突入基地時遭遇了融合戰士CM-001 凱文，在對峙中櫻使用了凍結時間的必殺技【長暗無明】逃走到達關押妹妹的牢房目睹妹妹的屍體陷入失神。凱文追到牢房後，梅博士通知第十二律者覺醒，櫻聽到該訊息後恢復意識再度使用必殺孤身尋找第十二律者。
第十二律者的侵蝕除了作用於生物體，還能夠對電子裝置進行侵蝕。第十二律者控制了基地的電子裝置封死出口，並且將基地內的核彈發射向人類最後的3座城市，毀滅了人類最後的城市
融合戰士MSA-209 華使用【神之鍵】羽渡塵製造意識分身對抗死士入侵，期間櫻在與第十二律者展開戰鬥重傷，使得第十二律者的意識出現短暫的紊亂。梅博士抓住短暫的機會將第十二律者封入了特製的的黑盒子，凱文找到了重傷瀕死的櫻後告知她這個結果，目睹戰友的逝去。
第十二次崩壞結束後，核彈製造者維爾薇找到第五科學部部長蘇進行心理諮詢。諮詢結束後提出要求回收蘇持有的【神之鍵】萬物休眠，嘗試將這件【神之鍵】從武器改造為儲存生機的冷凍倉。凱文遵循櫻的心願將她的屍體帶往極東之地故鄉的櫻花樹進行埋葬。但是到達極東之地後只有滿地的荒蕪，空無一物。
千劫對第十二次崩壞基地的生還兇手進行報復，並且直接面對下達【戒律】的阿波尼亞進行復仇。千劫接受【戒律】來審判阿波尼亞，最終結果證明阿波尼亞無辜
黑盒子計劃：第一研究所所長梅比烏斯要求融合戰士MSA-209 華運送封印第十二律者的黑盒子。實際上梅比烏斯暗中破壞了黑盒子的一部分使得華在運送中遭受第十二律者的侵蝕陷入昏迷，梅比烏斯帶領助手蒼玄、丹朱對昏迷的華私下進行試驗獲取第十二律者的樣本。蒼玄、丹朱對所長梅比烏斯的行為感到無法接受，提出試驗結束後自第一研究所辭職。梅比烏斯接受了辭呈並且成功提取到第十二律者的樣本開始進行研究，華醒來後梅比烏斯嘗試向華問出侵蝕期間的感受未能獲取有效情報。
【火種計劃】：梅博士基於本世代難以戰勝崩壞的前提設立了【火種計劃】，提前培育下一世代的人類作為“火種”去戰勝崩壞，新時代人類胚胎內全部被設計錄入了能夠對抗崩壞的基因遺傳因子【聖痕】。蒼玄、丹朱從第一研究所辭職接受梅博士安排成為【火種計劃】協助者。該計劃交由具有巨大魅力的前巨星、融合戰士伊甸作為執行者並且給予絕對的自主權。伊甸接受任務後將整個計劃以及協助者蒼玄、丹朱全部轉交給融合戰士MSA-209 華。事後伊甸將【黃金庭院】交給第一研究所所長梅比烏斯。
【方舟計劃】：藉由千劫提供的資料，維爾薇正式完成航行宇宙的方舟。將具吞噬進化能力的科斯魔作為執行者帶領融合戰士格蕾修在對戰終焉律者前離開地球，並且在戰鬥結束後將為新時代準備的“火種”新人類帶回地球撒播。
維爾薇完成在【往世樂土】中的【對凱文武裝.六六六】將控制權送給愛麗希雅，並且借討論之名向蘇和凱文洩露了梅比烏斯暗中研發的“某物”。凱文下達指令後，維爾薇刪除了梅比烏斯投放入【往世樂土】的【擬似律者病毒】
【逐火之蛾】內部陷入猜忌和低沉之中，融合戰士內部以及融合戰士與普通員工間都充滿了不和的氣氛。愛麗希雅決定去做什麼重新把大家團結在一起
凱文生日19天前，由梅博士發起了針對融合戰士CM-002 愛麗希雅展開的會議，除融合戰士CM-002 愛麗希雅的現存11位融合戰士與梅博士共同聚集對愛麗希雅的異常進行討論。會議最終以愛麗希雅是清白作為結論。會議後伊甸和愛麗希雅在星空下展開密談，愛麗希雅主動坦白自己的異常，伊甸為了安慰愛麗希雅主動進行【人為崩落】。
凱文生日18天前，愛麗希雅主動找到梅博士進行仔細的私人體檢。體檢結束後確認了愛麗希雅的天生律者身份。愛麗希雅決定使用自己的力量去改變未來。在人類持續遭遇巨大損失之後【逐火之蛾】內部陷入猜忌和低沉之中，融合戰士內部以及融合戰士與普通員工間都充滿了不和的氣氛。
愛麗希雅決定去做什麼重新把大家團結在一起，與智慧AI普羅米修斯進行交流。
凱文生日17天前，愛麗希雅製作12封邀請函準備寄給其他融合戰士夥伴（包括已經戰死的櫻）。與梅博士進行了私人的交談並且共同規劃了未來的計劃。